近年来，关于中医是伪科学的批判越来越多，不少学者疾走呼吁“废医验药”，中医界对批判不遗余力反击，每日争论不休，被网络称为“反中医大战”。事实上中医、西医之争由来已久，从清末到民国，中医曾两度面临“被废除”的危险境遇。

西医在16世纪末被传教士带入到中国，起初倍受排斥，但随着“西学东渐”的发展，西医逐渐被中国民众尤其是社会进步人士所接受。1894年甲午战争失败后，受维新变法思潮影响，科举考试废除，教育、医学、工商纷纷“学西”，西医得到了空前的重视和发展。

1910年，东三省鼠疫流行，并且向京津扩散，清政府派剑桥大学医学博士伍连德担任总指挥，12月27日，伍连德到达三天后，秘密解剖了一个病人尸体，从标本里发现了鼠疫杆菌。他认为这次鼠疫与以往的腺鼠疫不同，传染方式是直接在人与人之间通过呼吸和飞沫，而不是间接地从老鼠到跳蚤再到人，因此采用隔离疑似患者的措施控制疫情。他首次提出“肺鼠疫”概念，后来因“在肺鼠疫防治实践与研究上的杰出成就以及发现旱獭于其传播中的作用”，而被提名为1935年诺贝尔生理或医学奖候选人。东北鼠疫迅速得到控制，这震惊了世界，同时更让中国人深刻认识到了西医在控制传染病上独到的优势。

1912年中华民国成立以后，北洋政府以日本的教育制度为范本进行改革。在医科方面，大学和专门学校的具体课程设置了解剖学等51科，药学分为有机、无机化学等52科，其中都没有把中医、中药列进去。这一设置引起了轩然大波，后来被称为“漏列中医案”。广州、上海等19个省市中医团体迅速行动，在上海组成了“医药救亡请愿团”，1913年11月23日向教育部提交请愿书，要求教育部准许提倡中医中药事业，申请政府确定中医科目，颁布中医药学校的规程。

1914年1月8日，教育部迫于压力回复请愿团说：“本部对于医学，只期学术完备，求合于世界进化大势……并非于中医、西医有所启示也。”1914年1月16日国务院也进行回复：“前次部定医学课程专取西医……非有废弃中医之意也。”尽管教育部和国务院的回复基本肯定了请愿团的要求，但始终极力支持西医教育，而未把中医列为合法教育，中医界在又进行了多次抗争。

民间批判中医的声音比政府行动要早得多。第一个系统批判中医的是著名的经学大师俞樾，早在1879年他就发表了《废医论》，俞樾认为中医与巫术与占卜联系密切，是愚昧无知的医学；中医最重要的理论是脉象，而脉象完全不值得相信；很多中药没有效果。简而言之“医可废，药不可尽废”。这被史学家认为是民间反对中医的开端。

章太炎是俞樾的得意门生，他的《论五脏附五行无定说》，否定五行学说，主张完全废弃。他在日本讲学期间影响了一批留日学生，其中最有代表性的是民国时期废止中医思潮的领军人物余云岫，他对中医进行了针对性、专业性和系统性的批判。1917年，余云岫上发表《科学的国产药物研究第一步》一文，写道：“要晓得阴阳、五行、十二经脉等话都是谎话，是绝对不合事实的，没有凭据的。”随后出版《灵素商兑》，系统批判《黄帝内经》及其理论基础，后来又发表《与恽铁樵书》、《六气论》、《与中医学会论脉书》等文，对中医学的理论基础、藏象、经络经脉、诊疗、中药等学说都展开了严厉的批评和质疑。

同时期的陈独秀、鲁迅、周作人、严复、孙中山、胡适、梁漱溟、陈寅恪、郭沫若、巴金等人都表达过对中医的不信任或歧视的态度。多位文化界“重量级”人士尖锐地批判中医，直接波及到了政府当局的中医政策。

1929年2月23日，南京国民政府召开第一届中央卫生委员会会议。会议由当时的卫生部副部长刘瑞恒主持，首届委员共有委员 18 人，其中大多数委员都是西医背景出身，有趣的是，整个会议没有一位中医参加。在此次会上有余云岫提出《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》，还有