“中医科学化”之后，全国各地中医院校设立，中医中药得到了极大的发展，中医也开始学习解剖、组织胚胎、生理等西医基础课程，形成了中西医并存的独特局面。1980年3月卫生部召开的全国中医、中西医结合工作会议上提出了中医政策的基本要点：“第一，继承遗产，发掘宝库，努力提高祖国医药学水平；第二，团结和依靠中医，发展和提高中医；第三，坚持中西医结合，组织西医学习和研究中医；第四，中医要逐步实现现代化；第五，有计划按比例地发展中医和中西医结合事业，并为其发展提高创造良好的物质条件；第六，保护和利用中药资源，发展中医事业。”保护中医成为一项重要的基本卫生国策。

然而，民间对中医的质疑始终未曾停止，2006年何祚庥、方舟子、张功耀等再次批判中医是伪科学，2007年方舟子出版《批评中医》，在前人批评中医的理论之上，又列举了相当多的数据来进行批判。这引发了又一场声势浩大的反中医批判活动，越来越多的学者、医生和社会各界人士批判中医，尤其医生从循证医学的角度猛烈抨击中医的不科学之处。同前两次的反中医大战一样，批判的声音有多激烈，反驳的声音就有多响亮。如今网络上已有“中医黑”和“中医粉”之分，以表明立场。

同前两次反中医大战不同的是，民间呼声不断，欧美等国也多次从中药的安全性方面进行批判，欧盟甚至全面限制中药进口。政府始终坚定地支持中医，出台各种政策促进中医发展，这一次的“反中医大战”，能给国民的健康观念和科学理念带来怎样的变化，能否影响政府对中医药政策的制定，尚需时间验证。