余云岫在提案中列举了废止中医的四点理由：一、中医所依据的阴阳五行六气等基础理论都是凭空想象的，没有事实根据。二、中医诊断方法依赖脉象学说，而这种学说完全是自欺欺人，穿凿附会。三、中医理论不科学，诊断方法落后，无法胜任调查死因、预防传染性疾病、强种优生等工作，“是其于民族民生之根本大计，完全不能为行政上之利用”，四、中医不符合人类文化进步的规律，以其不科学的理论误导人们，阻碍民众思想的科学化和进步。

会议将有关中医问题的四个提案统一纳入《规定旧医登记原则》，其主要内容有三条：甲、旧医登记限至民国19年（1930年）底止。乙、禁止旧医学校。丙、其余如取缔新闻杂志等非科学医之宣传品及登报介绍旧医等事，由卫生部尽力相机进行。

1929年2月26日上海《新闻报》报道了会议决议的内容，3月4日余云岫主编的《社会医报》发布了中央卫生委员会专刊，登载其提案。毫无疑问，这又引起中医界的愤慨，上海中医界首先进行抗争，由名中医丁仲英、谢利恒等人出面，利用《医界春秋》等机构中的全国中医药团体的联系方式，向全国发出了号召和呼吁。中医药团体从学术角度和政治角度为中医辩护。天津中医药界则认为几千年来中药创造了巨大的财富，一旦废除中医，必将给民生带来巨大的冲击，将极大影响社会稳定。中医药界人士的抗争受到了全国商会联合会、中华国货维持会、南洋华侨代表等方面的声援。

中医界空前地团结，在13天后即3月17日就召开了全国医药团体代表大会。会议上定3月17日为中医药大团结纪念日，后改名为国医日；成立全国医药团体总联合会；组织赴京请愿团。由于当时国民政府内部主张废除中医的主要代表是汪精卫、褚民谊等人，而国民党元老派如谭延闿、林森、于右任、陈果夫等则是主张保护中医。至于非学医出身的卫生部长薛笃弼对是否废止中医本身并没有主见。中医界充分利用了国民党派系之间的矛盾冲突，积极奔走，争取获得国民党元老派的支持，林森、于右任、谭延闿、冯玉祥等都发表讲话支持中医界，批评卫生部。卫生部最后只好否认其有废除中医的政策，并辩称“中央卫生委员会决议案并无废除中医中药之说。”后来国民政府文官处批示：“撤销一切禁锢中医法令。”中医方才“化险为夷”。

与民国政府不同的是，中国共产党正处于土地革命时期，由于国民党政府封锁，一直处于缺医少药状态。1927年毛泽东指出：“医院要聘请中医师，要成立中医科，组织人员采中草药。草医草药要重视起来，敌人是封锁不了我们的，应该‘用中西两法治疗’伤病员。1931年，福建长汀县设立了中央红色医务学校，除了讲授一般医药卫生知识外，还设立了中医课程，编有《中医方剂讲义》等教材。1933年，在川陕根据地的红四方面军总医院设立了中医医院，该院有一百多名中医，号召医务人员研究中药代替西药。1934年，长征时期，总卫生部医政局开设中医科。在这种背景下，中共逐渐形成了自己的中医政策：重视中医，团结中医，提倡中西医合作。改造中医，提高中医，实行“中医科学化”。

1949年以后，政府制定了“中医科学化”政策，其主要内容是组织中医进修和中医科研，让中医学习西医，学习科学知识，用现代科学方法来研究中医，改造中医，提高中医水平。

1950年第一届全国卫生会议提出：实现中医科学化政策的两个途径，第一个途径是开设中医进修学校，第二个途径就是中医药科研工作。六个月后，中医中药研究所成立，共设立六个研究室，其中中医方面有医史、医理及针灸三个研究室。中药方面有生药、药理及化学三个研究室。

进行“中医科学化”，有政治和历史的原因，建国初期，全国共有西医