对于TDF，APR的记录数据显示，在妊娠早期暴露于TDF的606名活产婴儿中，先天畸形的发生率为2.3% (95% CI 1.3-3.9)，而在另外336名妊娠中期/晚期开始暴露于TDF的活产婴儿中，先天畸形的发生率为1.5% (95% CI 0.5-3.4)，未出现特定缺陷异常的报道。在妊娠早期暴露于FTC的252名活产婴儿中，先天畸形的发生率为3.2% (95% CI 1.4-6.2)，而另外134名于妊娠中期/晚期开始暴露于FTC的活产婴儿中，先天畸形的发生率为1.5% (95% CI 0.2-5.3)。这两种药物的相关出生缺陷发生率与其他ARV的报道相似。

在20只短尾猴中进行的动物实验显示，有3个短尾猴出现围产期暴露于EFV所致的中枢神经系统缺陷。有回顾性报道（大部分为美国婴儿），在子宫内的EFV暴露可导致先天缺陷率上升。对APR中数据的前瞻性报道显示，407名妊娠早期暴露于EFV的婴儿中有13例先天缺陷者，其中包括1例脊髓脊膜突出病例，这是首例对暴露于EFV后出现的神经管缺陷的前瞻性报道。APR中还收录了1例无眼畸形报道，该缺陷报道来自一项在灵长类中进行的研究；但是，该病例中还包括了严重的面斜裂和与无眼相关的羊膜带综合征。

为了全面评价单个ARV与先天缺陷间的关系，仍须继续进行对妊娠期接受ARV治疗的妇女的前瞻性调查，继续报道其出生婴儿的短期和长期健康状况。