在与北京友谊医院的合作中，支付宝则尝试了另外一种支付方式，即医保患者可在就医结束后且当日门诊结束前，前往医院自助机进行医保结算。结算完成后，医院将患者当天就医的医疗费用当中属于医保报销的部分而患者已经使用支付宝支付的款项，退还给患者的支付宝账户或银行卡中。

但即便如此，争取获得来自医保部门支付的接口，仍然是支付宝下一个阶段的重点之一。“我们相信，随着形势的变化，医保部门也会逐渐改变原来的态度。”张建钢说。

此外，在进行“未来医院”计划推广时，不同医院信息化水平的参差不齐也是支付宝遇到的主要障碍之一。有时候只能等到医院的信息系统升级之后，才能接入支付宝的运营平台。这一定程度上延长了医院上线的时间和支付宝的推进速度。