由北京市计算中心开发的“计算机辅助药物筛选平台”，近日正式开放。该平台使用虚拟药物筛选技术，提供蛋白质靶向小分子化合物的筛选和优化服务，有望使该类药物的早期研发时间缩短50%。

“这是我国首家商业化的虚拟药物筛选平台，可以运用互联网向国内外药物研发科研院所和企业提供网络远程服务。”主持平台研发的北京市“海聚工程”人才赵勇博士告诉科技日报记者。

赵勇介绍，小分子化合物类药物是现代药物大家庭中所占比最大的一类。通过和人体内导致疾病的蛋白质发生作用来发挥疗效。“蛋白质的三维结构就像一套房子一样有不同的‘房间’，如果导致疾病的‘房间’被小分子化合物占据，它的功能就会停止，疾病就能得到很好的治疗”。

“运用这一特性，我们可以在计算机中建立小分子化合物和蛋白质的三维模型，并利用相关软件进行二者的模拟对接，最终筛选出可能调节蛋白质功能的小分子化合物。”赵勇说，这样就可以把药物筛选工作来让计算机做。

赵勇告诉记者，“计算机辅助药物筛选平台”依托运算能力达每秒200万亿次的超算集群，10万个小分子化合物和一种蛋白质上某个“房间”的对接工作最快1个小时即可完成，费用也只有5000元左右。“传统实验筛选的命中率只有十万分之一到万分之一，虚拟药物筛选的命中率在2%在40%之间，是实验筛选命中率200倍以上”。

赵勇说，早期药物研发一般需要三到五年时间，借助虚拟筛选平台有望两年以内就可完成。