阿里网售处方药受到影响最直接的便是医院方的利益，而阿里协助抢单药房拿走的是本来属于医院的利润，根据卫计委提供的数字，近几年尽管监管部门大力倡导降低“以药养医”比例，但目前医院45%~50%的收入仍来自药品销售，仅仅依靠医生的诊疗费，不足于支持医院的运营，而阿里推出的模式，则将销售环节拉到医院之外，医院难以获利。

杨扬对记者表示：“在很多医院，以出厂价进货后，要加价15%销售，这保证了医院的利润。”阿里从医院、消费者两头切入医疗，却有可能陷入“左右互搏的境地”，在夺取医院的固有利润的同时，却要与医院合作来再造医院就诊流程，问题就此出现：医院又如何愿意放心与其合作？而没有各大医院的支持，支付宝的“未来医院”难以形成一个闭环。

在宣传上，阿里也曾提出“30年后取代医生”的说法，对此，深圳一位从业20年的骨科医生告诉记者，马云说让医生30年后找不到工作的说法让业界嗤之以鼻，人体不是机器，个体差异性令诊断难以做到远程，专业知识不可能被机械化、标准化的诊断所代替。但阿里的宣言，在医生的微信群里仍被热议，这几天流传一个帖子，内容是医生们欢迎马云，实现政府多年没有做到的医疗体制改革，改变医药养医的局面，提升并尊重医生的劳动价值，“马云真的能让药品完全电商化，对医生长期来讲绝对是利好，唤醒装睡的政府。”这个帖子说。

在医院的布局上，阿里同样遇到老对手腾讯，据了解，腾讯也积极收购挂号网站布局挂号市场，依托微信作为挂号平台，并且在广州准备尝试微信挂号。微信作为国内目前流量最大的移动社交入口，一旦开始在此领域发力，将有可能对阿里支付宝的医院流程服务业务形成直接冲击。

从微观层面看来，业界认为网售处方药需要解决的最核心问题在于医保系统的对接，如果没有各地地方政府网上对接医保系统，那么消费者通过阿里健康购药的动力将会极大地削减，阿里医疗未来在各地医保局是否得到支持，决定了其地推的效力和速度。