第一，“千人计划”获得者的学术位置难界定。在大部分学科，国内目前已形成了相当规模的学术队伍和生态体系，“千人计划”的空降带来了“插队”的矛盾。

第二，“千人计划”打破了我国现行科技体系的工资待遇，几倍、几十倍于本土教授的高薪和科研启动经费，使得“引进者”有时会被孤立。“千人计划”的教授们在申请某些科技项目时，甚至出现全军覆没的现象。因为一些评审者认为，“千人计划”的全职教授已经得到了巨额的启动经费，不再需要科研经费了。

此外，国内外科研申报体系以及研究角度的差异，也使得一些“千人计划”的学者在课题申报方面，难与评审专家产生共鸣。

由此可见，除了一些“千人计划”的获得者缺乏实力之外，体制差异、研究视角差异、社会交往差异等各个方面，也是造成一些人水土不服的重要原因。这些都需要及时调整完善。一方面给引进的人才以主动退出的机会。另一方面也要在制度设计上加以完善，比如可以实行“双轨制”，用人单位对“千人计划”获得者与本土科研人员实行不同的评价考核标准，让他们按国际学术界的标准，潜心做原创性的工作，不和国内同行争项目；同时，对于各种“虚假引进”，不仅引进者要退出，用人单位也是要付出相应的代价。

值得提出的是，在“千人计划”的引领示范作用下，各个省区市、各家大学以及科研院所，纷纷设立自己的各类“百人、千人、万人”引进计划，这些都是花了大价钱的投入，相应的退出机制也应该尽快生效。