2013年3月公布的《国务院机构改革和职能转变方案》明确，整合城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险、新型农村合作医疗的职责等，由一个部门承担。随后，国办发布了该方案任务分工的通知，明确在6月底前完成对三大医保职责的统一部门管理。
专家认为，这将为将来制度并轨奠定基础。
日前，卫计委新农合研究中心和新农合医疗技术指导组在北京召开了医疗保障管理体制有关课题研讨会。三大医保的管理、制度整合得到与会专家的一致认可。
我国目前有三大基本医保制度，分别为城镇职工医保、城镇居民医保、新农合，前两项医保由人社部门管理，新农合由卫生部门管理。
现况：
各管各的浪费资源
专家认为，三项医保之间既有交叉又有断裂，管理部门的分散也带来了财政的重复投入和管理上的相互掣肘，随着我国城乡一体化的快速发展，整合三项基本医疗保障制度的管理势在必行。
重复参保，造成资源浪费。2012年审计署公布的审计情况显示，城镇职工和城镇居民基本医疗保险以个人为单位参保，新农合以家庭为单位参保，险种间保障对象有交叉，即便同一险种各地政策也有差异。上述情况造成重复参保，截至2011年底，538.47万人重复参加新农合、城镇职工或城镇居民基本医疗保险，造成财政多补贴7.92亿元。
由于分属两个部门管理，新农合和城镇居民医保在大部分地区的行政、经办等管理资源并行，人员、机构、信息系统分割，互不相容，难以衔接。为此，很多地方的医院需要设两个报销窗口，分别对接。
职工医保筹资水平高，有不一样的报销目录、政策，待遇较高，而新农合、居民医保筹资水平较低，总体保障水平较低，造成制度不公。最常见的情况是，有的家庭就业者参加职工医保，家属参加别的医保，职工医保参保人一年看病的钱不到起付线，而其他医保的钱不够用。
“我国三大医保资金年度筹资达到8000亿元，覆盖超过12亿人，其中70%是新农合参合人，但新农合筹资规模却只有2000亿元左右，约占1/4。多部门、分制度、分人群管理体制已不适合新型城镇化的要求。”中国社科院劳动与社会保障研究中心主任王延中说。
而从保险的疾病风险分担机制建设来说，“碎片化”的制度、管理模式，不利于提高统筹层次，不符合大数法则，难以发挥出最大的效益，从而对基金的管理产生风险。
探索：
各地试点管理合一
随着社会保险认可度的提高、城镇化的稳步推进，地方越来越认识到管理、制度“碎片化”的障碍。很多地方开始探路三保的管理职责合一，甚至是制度合一。
据广东发改委副主任、医改办负责人张力军介绍，广东省全省19个地市建立了融合居民医保和新农合两项制度的城乡一体医保制度，其中深圳、东莞、中山3市先行先试，将三项医保整合为“一张网”。同时21个地市全部实现市级统筹，实现即时结算。3年各级财政用于基本医保体系建设的资金投入达到441.6亿元，年均增幅达到29.2%。
在东莞打工的四川达州小伙子刘洋说：“当地外来务工人员、个体私营业主等看病报销和当地人一样，都是同等的报销标准。”
其他省份也有一些地市已将职责归到一个部门管理。城乡医保的并轨走的步伐更快，2013年两会期间，人社部负责人介绍，全国已有6个省级地区和30多个地市、150多个县实行了城乡居民基本医疗保险的一体化。
统计数字显示，各地医保基金大量结余，2011年底全国职工医保基金累计结余已达5525.52亿元，新农合结余824.42亿元，城镇居民医保结余413.57亿元。而在资金投入结构上，职工基本医保来自财政的补贴仅占3.47%，城乡居民医保中来自财政虽占82.09%，但中央财政负担了43.2%，中央财政对中西部地区的投入更是占到80%以上。
加上西部地区也有医保城乡统筹与地市级统筹的成功实践，国务院首届医改专家咨询委员会委员、中国人民大学教授郑功成认为，上述情况表明再以财力不足作为影响制度整合和统筹层次提升的理由并无依据，三大医保应统一管理部门。