首先，依赖于鸡胚。虽然说病毒生命力顽强，但要想人工培养成“疫苗大军”还真不容易。传统的工艺利用鸡胚作为病毒的饲养单元。那么对于以病毒为原料的灭活疫苗以及减毒疫苗来说，鸡胚显然跟不上日益严峻的量产要求。目前有一些批准疫苗采用哺乳动物细胞代替鸡胚进行生产，但仍不具备代替能力。在这方面，重组疫苗的优势就十分明显。另外，临床上采用DNA代替蛋白质作为接种原料（即种下病毒核酸的“种子”，让其在体内自由生长形成免疫原）。

其次，时间线太长。简单来说，疫苗的生产包括培育三到四种“种子”病毒，扩增，灭活，纯化，裂解，加工成成品等若干步骤。对于一年一度的疫苗需求，加上对流行趋势的预测需要等到流行前几个月才能做出，时间确实十分紧张。另外，对当年流行性的预测也是一件极难把握的事情。通常检测流行病毒的变化特征是通过HA抑制检测法完成的。这种方法通过抗原抗体反应强度能够判断病毒HA蛋白的变化特征。大量的重复性试验加上后期的数据模拟与分析最终得出流行病毒毒株HA的表位特点。

再次，每年周而复始的研发。由于流感病毒快速的变异能力，每年都需要进行新型的疫苗研发。为了降低研发的频率，研究人员尝试了一些办法提高疫苗的广谱性，即交叉反应的能力。包括寻找HA保守表位，引发T细胞免疫，佐剂辅助以及多种疫苗鸡尾酒疗法等。

除以上三点外，疫苗优化还受到了新型病毒不断出现的困扰，老年人的免疫系统退化带来的抗原免疫原性降低也对疫苗的接种效果产生了负面影响。 

目前获批的流感疫苗对于成年人及小孩的保护效率分别达到了60%与83%，然而在现实中，一旦遇到新型病毒的爆发，或者预测出现问题，产生的疫苗就会失去保护效果。主观上，我们希望将来的疫苗要具有更高的广谱性，不再依赖鸡胚生产，研发时间缩短等优势。