公立医院收入主要有以下几个部分：医疗服务收入、检查收入、药品耗材收入、财政补贴。显然，破除“以药补医”实现“医药分开”，指的是药品收益不再是医院补偿资金来源。政策意图显然不是用检查收入和耗材收入替代药品收入，那剩下的补偿资金来源就只有增加医疗服务收入和增加财政补贴了。通过增加财政补贴来消除“以药补医”是过去三年基层医改的思路，基本药物零差价制度就是这个思路，但是这个做法并不成功，部分原因是地方政府没有意愿也没有能力增加财政补贴，根本原因则是财政养医导致论资排辈的平均主义大锅饭分配制度，显著降低了医务人员的工作积极性，加剧了城乡居民的“看病难”困境。

体制弊病

新的县级公立医院改革方案不再要求由财政来负责医务人员的薪酬。由此，破除“以药补医”，就需要配套以提高医疗服务价格和改革医保付费方式。浙江遂昌等六县市的公立医院改革和北京友谊医院的改革试点均是这个思路，随后起步的深圳公立医院改革也是同样的思路。目前三地改革所谓的“医药分开”均指的是取消15%的药品加成，三地也各自以不同幅度提高了医疗服务价格，其中以北京友谊医院提高幅度最大，普通挂号费由5元提高到42元。按照北京相关部门的说法，医疗服务价格上涨部分带来的医院收入增加，基本弥补取消15%药品加成导致的医院药品收益损失。通过提高医疗服务价格来降低药品费用，这个改革方向是正确的。但是仅仅取消药品加成，并没有触及到药品返利和回扣，因此并没有真正破除“以药补医”体制，也不可能实现医药分开，而医疗服务价格提高幅度也不足以实现“以医养医”。

由于三地公立医院改革尚未触及药品返利和回扣部分，取消药品加成带来的医院利润损失通过提高医疗服务价格得以弥补，医院总体收入水平和名义上的盈利水平（不计人工成本）也没有变化。因此，尚未实质性影响医院内部收入分配。

显然，改革不能就此止步，否则破除“以药补医”就成为一句空话。若要真正破除“以药补医”，还需要进一步提高医疗服务价格，同时继续挤压医院的买药收益，最终一方面消除药品返利和回扣，一方面达到医疗服务收费足以养医的水平。大致说来，按照目前的水平，医院的药品收入大致还应挤压掉40%左右（15%+返利+回扣）的水平，这才能真正做到破除“以药补医”。与此同时，总体上医院的医疗服务收费要大致翻一番左右，从而保证医院和医生的收入水平不会下降，真正实现“以医养医”。