2011年7月8日，国家食品药品监督管理局明确表示：淘宝网没有取得网上售药资格，目前浙江省药监部门已对淘宝网进行查处，要求其尽快整改。
7月11日，记者通过查询得知，淘宝商城主页上已经无法找到销售药品子项目的链接，但还是能通过特定域名进入设立在淘宝商城网之下“药品保健”，所有药品仍正常销售。但淘宝商城注明：鉴于淘宝商城独立运营，系统调整，现对此商品链接商家官网的外部跳转体系升级，需购买的用户请直接登录商家官网购买。
这意味着淘宝目前只提供药品信息，并不涉及交易环节。淘宝承诺：“升级完毕后我们将尽快恢复。”目前，国家药监局、浙江省局以及淘宝方面均未做出进一步的表态。
折戟前后
“邵局长只是点到了淘宝售药的问题，并没有定性的说法。”
知情人士介绍，淘宝之所以被查处，源于国家药监局的年中工作会议。
7月5日，全国食品药品监管工作座谈会在南京召开。这次药监局例行会议上，国家药监局局长邵明立作了讲话，其中就提到淘宝网上售药的问题。
上述人士介绍：“邵局长只是点到了淘宝售药的问题，并没有定性的说法。这一话题也不是其讲话的主要内容。”但会后不久，浙江省局就开始了对淘宝的查处。
国家药监局稽查局处长王松林介绍：“通过互联网销售药品，必须经过食品药品监督管理部门审批，取得《互联网药品交易服务机构资格证书》。淘宝商城只取得了《互联网药品信息服务资格证》，没有交易资格。”
国家药监局网站显示，浙江淘宝网络有限公司于2011年3月21日取得了互联网药品信息服务资格，认定性质为“经营性”。2004年公布的《互联网药品信息服务管理办法》规定，经营性互联网药品信息服务是指通过互联网向上网用户有偿提供药品信息等服务的活动。
但上述办法同时认定，已经获得《互联网药品信息服务资格证书》，但提供的药品信息直接撮合药品网上交易的，视为违规，监管部门有权对其查处。
事实上，由于这一条款的存在，淘宝药房上线第一天开始争议就伴随而来。
6月20日，淘宝商城宣布涉足药品销售领域，最初有5家网上药店入驻，分别是上海复美大药房、北京金象大药房、杭州九州大药房、江西开心人大药房以及云南白药大药房。
上述5家网上药店都是获得网上交易许可的正规网店，淘宝最初将其归入“淘宝商城”网下的医药馆。依据马云6月15日对淘宝分拆后的定位，淘宝商城是淘宝B2C(企业对个人)业务的平台，因此5家药店在淘宝商城上是企业身份。
但淘宝商城医药馆上线后仅3天，记者发现其原域名就已失效，淘宝网将其定位于C2C(个人间)业务。
尽管淘宝在规避法律风险上进行了尝试，但并没有躲过主管部门的眼睛。依据上述办法，淘宝可能将面临1万元以上3万元以下罚款。
利益纠结
据估计，我国网上药店的市场规模有5000亿元，提前布局是很多电商的想法。
互联网药品交易服务机构资格证书共分三类，通俗的说，分别对应B2B、B2C和第三方信息发布资格。根据王松林的介绍，目前可以在互联网上进行药品交易的单位共有69家，其中只有38家可向个人售药。
由于网上药店省去了大量实体店的运营成本，因此价格普遍较实体药店便宜。但低价并未吸引到更多的客户，目前，国内获得售药资格的网店多依托于实体店铺，其网上的销售额大多只有门店销售额的2%-5%。金象大药房前任总经理邓劲光就曾表示：“网上药店并不景气，利润很低。”
这一说法可以从上市公司九州通身上得到印证。九州通是国内第三大的药品流通企业，2010年营业收入213亿元，同时拥有B2C的网上售药资格，但去年其好药师网站销售额不足千万。
不过网络的无限前景还是让众多机构垂涎。就在淘宝宣布开医药馆之后10天，京东商城也宣布参股九州通，共同打造其网上药店。
九州通集团副董事长刘兆年表示：“我们拥有网上销售资格，京东作为参股方。未来我们的好药师网站会更名为京东好药师。”