自从2009年1月国务院正式出台“新医改方案”以来，在医疗保障改革和医疗体制改革两方面，“新医改”的进展呈现严重的不平衡。医保改革正在稳步前行；但是医疗体制改革，尤其是公立医院改革，却裹足不前。
医保改革的目的，一是通过医疗保险分散百姓医药费用的风险，二是让医保机构扮演“团购”角色，制约医药费用上涨的幅度。可是，如果公立医疗机构主宰甚至垄断了医疗服务市场，而且效率不彰，即使医保改革到位，医保机构也缺少选择权，众多抑制医药费用上涨的改革措施根本无法推动。医保改革对“看病贵”的缓解作用，会由于医疗体系改革的迟缓而大幅抵消。如果公立医院改革不顺利，那么“新医改”就不可能取得成功。
“行政型市场化”的现状
当今中国的公立医院，处于“行政型市场化”或“行政性商业化”的组织和制度模式之中。
在公立医院总收入中，业务收入的占比非常高；与此相对照，政府拨款或补贴已经无足轻重。公立医院的运营依赖于收费，似乎走上了市场化的道路。很多民众甚至由此认为，公立医院“社会公益性淡化”的主要原因就在于市场化。这实属误解。中国公立医院的所谓“市场化”，其实是受到行政体制严重制约和扭曲的“伪市场化”。
“行政型市场化”之“伪市场化”的核心特征之一，是公立医疗机构中绝大多数医疗服务项目的价格由政府决定，大部分常用药品的价格(最高零售限价、中标价和利润加成)也由政府决定。行政定价的结果就是价格永远定不准。常见病、多发病的医疗服务价格畸低，一般性医疗服务因此必然收不抵支。这就诱导公立医院用两个办法来弥补医疗服务中的亏空，其一是多卖药，其二是多用高价耗材。
政府采用行政管控措施，意在遏制医药费用快速增长，但效果完全失灵。公立医院中人次均门诊和住院费用一直高速增长。供方诱导过度消费(俗称“过度医疗”)问题的大量涌现，是公立医院医药费用快速增长的主因之一。
“再行政化”思路
公立医院究竟如何改革？对此，“新医改方案”给出了两条并存的思路，其一是“再行政化”，其二是“去行政化”。
“再行政化”的思路，就是将公立医院中所有资源配置的权力集中在卫生行政部门手中，具体包括：
——卫生行政部门对公立医院实行“收支两条线管理”，即公立医院上缴全部收入，然后由主管部门对其下属实施全额预算管理。
——卫生行政部门不仅负责公立医院管理者的任命，还要掌管公立医院所有人员的编制。
——卫生行政部门负责公立医院基础设施建设项目的审批、医疗设备的添置和耗材与药品的集中采购。
——医疗服务、耗材和药品的价格制定由卫生行政部门全权负责。
事实上，众多相关政府部门对于卫生部门在“新医改”过程中扩充自身权力范围的努力，普遍持不以为然的态度。这些相关部门对于现在拥有的权力，例如基础建设审批权、编制管理权、价格管制权等，也都紧握不放。因此，上述“再行政化”的变革思路，实际上不可能变为现实。但是，这一思路的很多内容，例如“收支两条线管理”、药品与耗材的集中招标采购等，却又体现在中央及各地医改的很多政策文件以及具体实践中。
“去行政化”思路
“去行政化”的思路是依据“管办分开”，也就是公共服务的主办者与监管者分开的原则，彻底打破公立医院所处的行政等级体制，赋予其真正的独立法人地位。因此也可以说是“法人化”，具体路径如下：
——建立并完善以理事会制度为核心的新型法人治理结构，赋予理事会行使战略管理的职能。