为规避学会与企业的直接联系，可以借鉴国际经验，建立基金会机制，利用自然人、法人或者其他组织捐赠的财产开展公益性活动。创新体制机制，设立学术会议捐赠资金、继续医学教育捐赠资金、科学普及捐赠资金、医生出国培训捐赠资金等专项，作为公益性活动筹资的重要来源。由基金会组织募捐、接受捐赠，由学会组织项目实施，按章开展公益性活动。

要制定一套保证学术独立和公开透明的规则，使医学界和企业界都明确双方来往的界限，既能保证医学专业知识的传播和交流，又最大限度地保证医学界的独立和名誉。形成筹资活动基金化、公益活动事业化、经营活动公司化，三者之间既相互关联、目标一致，又相互独立、各自依法运作。

陈竺同时指出，要进一步完善学会章程，加快建立和完善会费收取和管理制度。结合本次审计提出的问题，完善和修改学会章程，依法依章进一步明确会员享有的权利和承担的义务，并根据国家有关规定制定各类会员的会费标准；要加强学会组织建设，今后推荐或选派学会及分支机构担任职务的人选，应在热爱学会、带头履行缴纳会费义务的会员中产生；同时，要理顺地方医学会和会员会籍的关系，使会费收取和管理有序进行。

陈竺强调，要厉行节约，反对铺张浪费，杜绝低水平、重复性的学术会议。要规范会议审批，进行分类管理：一类会议为专科分会学术年会或全国性学术大会，由专科分会申报，中华医学会自主主办，会议经费全部纳入学会财务管理。二类会议为学组专题研讨会，由专科分会与地方医学会（或医疗机构）共同主办，由地方医学会（或医疗机构）申报，经费纳入申报单位财务管理，接受中华医学会审计、监管和评估。

陈竺强调，今后学会和企业的合作协议与合同签订，必须是法人单位对法人单位，不能对各分会，更不能对个人。要依法依规，按章办事，提高收支的透明度。

要严格执行财务管理和招标采购制度、控制会议经费，落实八项规定和国家财务报销的标准，对预算超标、不勤俭的会议要坚决予以制止。以学会名义主办的各种会议和项目，各项收支必须纳入学会财务部门统一管理。违反规定将会议收入或会议结余私自存放到学会以外的其他单位、公司、个人账户的，一律以“小金库”查处。